Правильне зберігання насіння соняшнику має велике значення для досягнення якості продукту. У холодні періоди соняшник можна безпечно зберігати при 10% вологості або менше, але під час теплих місяців зберігання вологість має бути на рівні 8% або менше. Приймаючи показання приладу на насіння соняшнику, майте на увазі, що шкаралупа сохне швидше, ніж ядро. Таким чином, показання приладу при сушінні можуть бути штучно низькими. Щоб отримати точніші показання, необхідно помістити кілька насінин у герметичну банку на ніч, а наступного дня, після того, як шкаралупа та ядро соняшнику матимуть однаковий показник вологи, можна вимірювати вологість насіння.
Для сушіння насіння соняшнику добре підходять перфоровані ящики, які розміщують поверхово, один на одного. Атмосферне повітря може бути використане для зберігання прохолодного та сухого соняшнику. Якщо для сушіння використовувати нагріте повітря, то можна збільшити швидкість сушіння. При цьому слід мати на увазі, що соняшник висихає швидше, ніж кукурудза або соя.
Соняшник при сушінні має вищий ризик пожежі, ніж деякі сільськогосподарські культури. Основна проблема в тому, що невеликі волокна, які є на лушпинні, від тертя обсипаються й літають у повітрі, цим зумовлена підвищена пожежонебезпека під час сушіння та зберігання насіння соняшнику. Слід ретельно дотримуватися заходів безпеки та протипожежної безпеки.
У разі надмірної присутності сміття в зібраному зерні, перед зберіганням слід виконати його ретельну обробку, що може значно знизити захворюваність і проблеми зі зберіганням. Інші ключові кроки в зберіганні включають очищення тари для зберігання та обладнання, обробку зерна перед зберіганням, а також контроль від комах. Слід уникати створення пікоподібних або конусоподібних утворень зерна у верхній частині бункера, оскільки волога й комахи, можливо, матимуть тенденцію збиратися в цьому місці. Насіння соняшнику, вирощене для закуски (кондитерські вироби) має бути оброблене з особливою обережністю, добре очищене й не мати пошкоджень комахами, а також відповідати стандартам харчової промисловості.